COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 23.412765 23.412765 21.626566
2021-03-31 17:00:00 22.449849 22.449849 21.402280
2021-03-30 17:00:00 17.836899 17.836899 21.175406
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 21.054157
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.968909
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.851910
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.806102

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 17.663839
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 17.414100
2021-03-30 17:00:00 8.533185 8.533185 17.155116
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 16.794274
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 16.737851
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 16.828120
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 16.976588

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 27.675841 21.100917 22.516676
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 22.333756
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 22.192365
2021-03-29 17:00:00 14.864865 22.145329 22.001266
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 21.779840
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.010381 21.712928
2021-03-26 17:00:00 21.568627 21.568627 21.336013

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 14.277899 18.347979 13.758797
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 13.676830
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.528885
2021-03-29 17:00:00 14.075630 7.062544 13.481049
2021-03-28 17:00:00 17.239755 17.239755 13.565779
2021-03-27 17:00:00 16.461439 16.461439 13.530525
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.586315

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 15.979742
2021-03-31 17:00:00 17.536534 17.536534 15.609993
2021-03-30 17:00:00 16.452254 21.237318 15.449454
2021-03-29 17:00:00 17.882821 15.256546 15.301359
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 15.194161
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 15.128502
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 14.944164

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 47.187063
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.530636
2021-03-30 17:00:00 36.669756 36.669756 46.342685
2021-03-29 17:00:00 80.311502 80.311502 47.087013
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 47.202771
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 46.990890
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 47.314527

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 17.685443
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 17.801067
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 17.910949
2021-03-29 17:00:00 25.315391 8.775510 18.256120
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 18.514922
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 18.859175
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 19.236829

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 9.071096
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 9.026395
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 9.014351
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.312624 8.910447
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.870082
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.827811
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.873547

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 21.933889 15.075687 16.337954
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 16.421485
2021-03-30 17:00:00 12.535247 17.931793 16.357214
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.371512 16.150249
2021-03-28 17:00:00 20.459290 20.459290 16.037266
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 15.999449
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.891421

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 36.229046
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 36.062639
2021-03-30 17:00:00 44.753044 26.943987 35.859709
2021-03-29 17:00:00 30.834050 67.807395 34.752777
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 34.315270
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 33.832795
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 33.325950

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 17.571741
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 17.784053
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 17.789804
2021-03-29 17:00:00 31.266846 7.772194 17.418111
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 17.702775
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 17.988365
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 18.345052

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 4.970475
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 4.980837
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.892857 5.067031
2021-03-29 17:00:00 9.740260 9.740260 5.187390
2021-03-28 17:00:00 8.433735 3.066813 5.425870
2021-03-27 17:00:00 11.191336 11.191336 5.689537
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 5.916362

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 7.341967
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 7.497828
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 7.562258
2021-03-29 17:00:00 13.833992 2.169870 7.643203
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 7.906499
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 8.334248
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 8.918283

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 50.614254
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 51.799781
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 51.837082
2021-03-29 17:00:00 40.776699 48.697917 51.093336
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 51.194595
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 52.082592
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 52.625159

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 26.074869
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 26.218542
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 25.991354
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.444972
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.408897
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 25.141479
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.721088

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 38.100027
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 37.514086
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 37.059202
2021-03-29 17:00:00 22.599195 51.408856 37.822687
2021-03-28 17:00:00 88.209176 35.027917 38.189950
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 38.272823
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 37.896040

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 8.434826
2021-03-31 17:00:00 12.371134 5.879075 8.335177
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 8.301859
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 8.245388
2021-03-28 17:00:00 9.575185 9.575185 8.191715
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.705628 7.983847
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.820130

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 60.471698 42.146226 17.064051
2021-03-31 17:00:00 57.610193 15.624453 16.524185
2021-03-30 17:00:00 NaN 15.775496 16.085983
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 15.596220
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 15.245175
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.919181
2021-03-26 17:00:00 13.397417 13.397417 14.663782

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 13.649769
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 13.491287
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.380575
2021-03-29 17:00:00 18.493027 9.946420 13.218409
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 13.167189
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 13.123927
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 13.035124

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 21.945370
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 21.951459
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 21.327747
2021-03-29 17:00:00 38.888889 38.888889 20.516745
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 20.309897
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 20.358208
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.487927 20.142686

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 21.526985
2021-03-31 17:00:00 13.080169 19.682540 21.785495
2021-03-30 17:00:00 13.571429 23.712949 20.953443
2021-03-29 17:00:00 44.262295 100.000000 20.741666
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 20.237979
2021-03-27 17:00:00 43.103448 21.034483 19.845985
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 19.766039

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 32660.000000 30.084746 32.383404
2021-03-31 17:00:00 43.932499 43.932499 32.042959
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 31.971309
2021-03-29 17:00:00 17.304493 41.811267 32.250186
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 32.079312
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 31.605939
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 31.934318

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.710145 19.710145 17.663839
Basilicata 27.675841 21.100917 22.516676
Calabria 14.277899 18.347979 13.758797
Campania 15.429821 15.429821 15.979742
Emilia-Romagna 47.170795 47.170795 47.187063
Friuli Venezia Giulia 18.997361 18.997361 17.685443
Lazio 9.579902 9.579902 9.071096
Liguria 21.933889 15.075687 16.337954
Lombardia 34.865453 34.865453 36.229046
Marche 17.613020 17.613020 17.571741
Molise 7.003891 7.003891 4.970475
P.A. Bolzano 7.563025 7.563025 7.341967
P.A. Trento 54.054054 54.054054 50.614254
Piemonte 27.624546 27.624546 26.074869
Puglia 46.323817 46.323817 38.100027
Sardegna 9.244140 9.244140 8.434826
Sicilia 60.471698 42.146226 17.064051
Toscana 14.721545 14.721545 13.649769
Umbria 22.924901 22.924901 21.945370
Valle d'Aosta 11.158798 11.158798 21.526985
Veneto 32660.000000 30.084746 32.383404

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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